Ośrodek wczesnomiejski istniał na terenie dzisiejszego Gubina już w XI w. Z uwagi na położenie obszar znajdował się w na granicy wpływów czeskich, niemieckich i polskich a co za tym idzie regularnie przechodził z rąk do rąk, będąc własnością Królestwa Czech, Saksonii, Prus i wreszcie Brandenburgii. Pierwsza zachowana wzmianka źródłowa na temat Gubina datuje się na 1211 r. 24 lata później margrabia Miśni i Marchii Wschodniej Henryk Dostojny nadał Gubinowi przywilej lokacyjny i magdeburskie prawa miejskie.

Z racji położenia Gubin utrzymywał się z handlu, ponadto przez kilkaset lat (pomiędzy XIII a XIX w.) uprawiano w mieście winorośl. Gubin znany był z wina, piwa i znakomitej jakości sukna. Już na początku XIV w. miasto biło własną monetę i posiadało mury miejskie. Na krótko rozwój miasta zahamowały klęski: trzęsienia ziemi w XIV w., najazdy husytów w XV w., powodzie i pożary odnotowywane kolejno aż do XIX w. 

W XVI w. Gubin dysponował własnym młynem i tartakiem, oraz systemem wodociągowym, który przetrwał aż do początków XX w. Wiek XIX przyniósł rozwój przemysłu metalurgicznego, włókienniczego i wydobywczego. Powstały linie kolejowe do Berlina i Wrocławia oraz sieć linii tramwajowych.

Pomiędzy lutym a kwietniem 1945 r. w mieście i okolicy toczyły się intensywne walki pomiędzy Niemcami a następującą Armią Czerwoną, które spowodowały zniszczenie ponad 90 % infrastruktury miejskiej. W wyniku konferencji jałtańskiej granica pomiędzy Polską a Niemcami przebiegła przez środek miasta, wskutek czego z części prawobrzeżnej wysiedlono niemieckich mieszkańców i osadzono na ich miejsce przesiedleńców z Kresów Wschodnich.