Żydzi zaczęli osiedlać się w Lipsku w I połowie XVII wieku. W 1643 r. otrzymali od króla Władysława IV przywileje, które pozwalały na budowę synagogi, posiadania kramów oraz jatek, a także produkcję i sprzedaż napojów alkoholowych. Przywileje te potwierdził Jan III Sobieski 15 marca 1679 roku. Prawdopodobnie w XVIII w. założono cmentarz.

W 1680 r. było w miejscowości 10 Żydów. W późniejszych latach ich liczba rosła, jednak nigdy nie stanowili większości mieszkańców miasteczka. W 1799 r. w Lipsku było 171 Żydów (19,5% populacji miejscowości); w 1820 r. – 264 osób; w 1860 r. – 464 osoby (26,8%). Na początku XX w. w Lipsku było wtedy 510 osób pochodzenia żydowskiego, co stanowiło 32,6% wszystkich mieszkańców.

Odsetek ludności żydowskiej w Lipsku nigdy nie był tak wysoki, jak w innych miastach Podlasia. Emigracja zarobkowa oraz I wojna światowa uszczupliła jeszcze populację. W 1921 r. w Lipsku mieszkało 87 Żydów. Przed II wojną światową mieszkały tu 22 żydowskie rodziny.

W książce-eseju What the Furies Bring kanadyjski pisarz i poeta Kenneth Sherman, pracujący na uniwersytecie w Toronto, wspomina swojego dziadka ze strony ojca, urodzonego w Lipsku, ucznia krawieckiego, który w 1904 r. zdecydował się na emigrację do Nowego Świata. Do Toronto dotarł w 1905 r., przemieszczając się przez Niemcy, Holandię, Anglię, gdzie pracował jako pomocnik krawca[1.1].

W 1941 r. 99 Żydów z Lipska wywieziono do getta w Grodnie i Augustowie, skąd na przełomie 1942 i 1943 r. zostali przetransportowani do niemieckich nazistowskich obozów zagłady.