Cmentarz wyznaniowy w Morągu wytyczono na działce położonej na północ od miasta, niedaleko dawnego miejsca straceń, najprawdopodobniej w latach 20. XIX w.[1.1] (istniał z pewnością w 1835 r.). Nekropolię założono na planie prostokątnego trapezu o powierzchni ok. 0,3 ha i najprawdopodobniej w latach 90. XIX w. otoczono ceglanym murem z bramą i bramką[1.2]. W narożniku cmentarza wzniesiono najpewniej niewielki murowany (z cegły) dom przedpogrzebowy (ok. 4 m x 4 m)[1.3], który bezpośrednio przylegał do ogrodzenia nekropolii.

Ostatni pochówek odbył się pod koniec lat 30. XX w. Podczas II wojny światowej kirkut został zdewastowany przez Niemców. Dalszych zniszczeń dokonano po wojnie, jeszcze w połowie lat 50. XX w. znajdowało się tutaj wiele nagrobków[1.4].

Morąski cmentarz został wpisany do rejestru zabytków 9 stycznia 1992 r. pod nr A-3674/0[1.5]. Pod koniec lat 90. XX w. morąski nauczyciel Krzysztof Piotrowski wraz z grupą uczniów objął nieformalną opiekę nad nekropolią, co doprowadziło do zatrzymania dewastacji. Teren uporządkowano, a w 2002 r. na reliktach cmentarnej bramy umieszczono kamienną tablicę z napisem pod Gwiazdą Dawida: „Trzykrotni umarli kirkutu: / śmiercią, / rozbitym nagrobkiem, / zapomnieniem”. / Cmentarz gminy żydowskiej / w Morągu / z lat 1835–1933.

W październiku 2010 r. staraniem Jakuba Kołpucia – prezesa Przedsiębiorstwa Oczyszczania w Morągu – i jego pracowników nekropolię gruntownie uporządkowano. W ciągu miesiąca dziesięciu pracowników wycięło krzaki, uprzątnęło teren cmentarza. Nekropolia ma być monitorowana co kwartał i na bieżąco porządkowana[1.6].

Do dzisiaj zachowały się relikty ok. 20 grobów, przede wszystkim tumby i podstawy pod macewy. W stanie zadawalającym ocalało 7 macew wykonanych z piaskowca, na których znajdują się inskrypcje w językach hebrajskim i niemieckim (najstarsza z 1850 r.). Zachowały się także relikty cmentarnego muru (z 3 stron) wraz z reliktami bramy oraz starodrzew.