Jeszcze przed wybuchem II wojny światowej, w sierpniu 1939 roku Niemcy z Gdańska wybrali miejsce pod przyszły obóz koncetracyjny, przewidziany na początku dla inteligencji polskiej z Pomorza Wschodniego i Gdańska. Aresztowania polskich elit zaczęły się wraz z napadem Niemiec na Polskę. Już 2 września pierwszy transport 150 osób został wysłany do KL Stutthof. Sprawia to, że wśród wszystkich obozów założonych przez Niemców na terenie powojennej Polski, Stutthof działał najdłużej.
W pierwszej fazie do obozu trafiali więźniowie z Gdańska, przede wszystkim polska inteligencja. W ciągu 1942 roku, obóz jednak zaczął przyjmować coraz więcej transportów z całej Polski i spoza granic kraju. Nastąpił wówczas wzrost znaczenia obozu i jego rozbudowa – praktycznie dziesięciokrotna. Poza tym poddano mu 39 podobozów. W ostatnim okresie obóz stał się miejscem realizującym zagładę ludności żydowskiej. W obozie osadzono ok. 110 tysięcy osób, 45 narodowości z 26 krajów. Wśród nich byli m. in. Polacy, Żydzi, Rosjanie, Ukraińcy, Białorusini, Litwini, Łotysze, Estończycy, Czesi, Słowacy, Finowie, Norwegowie, Francuzi, Duńczycy, Holendrzy, Belgowie, Niemcy, Austriacy, Anglicy, Hiszpanie, Włosi, Jugosłowianie, Węgrzy, Cyganie.
Śmierć poniosło ok. 65 tysięcy ludzi, w wyniku panujących warunków, chorób, rozstrzelania, wieszania lub gazowania. Wielu zginęło podczas ewakuacji obozu przed jego wyzwoleniem 9 maja 1945 roku przez Armię Czerwoną.
Muzeum powstało na tym miejscu w 1962 roku. Proponuje zwiedzanie pozostałości po obozie, wystawy stałę i czasowe. Grupy mogą korzystać z odpłatnych przewodników, również angielsko oraz niemieckojęzycznych.
Piotr Cywiński