Historia Aresztu Śledczego Warszawa-Mokotów, zwanego też więzieniem mokotowskim, zaczęła się na początku XX wieku. W latach 1902–1904 władze rosyjskie zbudowały więzienie karne z przeznaczeniem dla 800 więźniów. Po I wojnie światowej doszło do rozbudowy więzienia, które służyło także jako areszt śledczy.

Podczas drugiej wojny światowej zakład przejęli Niemcy. Funkcjonował po niemiecką nazwą Deutsche Strafanstalt. Więziono w nim licznych obywateli polskich, m.in. Polaków niosących pomoc Żydom. Zanim powstał Centralny Areszt Getta przy ul. Gęsiej, w celach na Mokotowie przetrzymywano także osoby pochodzenia żydowskiego złapane poza gettem na ulicy lub w mieszkaniach na skutek denuncjacji. Zygmunt Hoffman w artykule poświęconym Centralnemu Aresztowi Getta wzmiankował, że wśród więźniów osadzonych poza gettem „wielu było na granicy śmierci głodowej, wielu chorowało na gruźlicę lub tyfus”[1.1].

Po drugiej wojnie światowej w więzieniu mokotowskim został osadzony i stracony SS-Gruppenführer Juergen Stroop, odpowiedzialny za likwidację getta warszawskiego i liczne zbrodnie na Żydach. Przed śmiercią Stroop spędził kilka miesięcy w jednej celi z Kazimierzem Moczarskim, dziennikarzem, byłym szefem Biura Informacji i Propagandy ZWZ-AK. Opowieści Stroopa stały się dla Moczarskiego inspiracją do napisania znanej książki pt. Rozmowy z katem.

W 2016 r. Ministerstwo Sprawiedliwości RP zlikwidowało areszt. W obiekcie ma powstać Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL.