Jedno z najstarszych grodzisk na Mazowszu. We wczesnym średniowieczu na obszarze dzisiejszego Zakroczymia znajdował się gród obronny strzegący przeprawy przez Wisłę. Najstarsza wzmianka o nim pochodzi z 1065 r.
Przy grodzie rozwinęła się osada targowa. Jej rozwojowi sprzyjała lokalizacja przy skrzyżowaniu dróg wodnych (rzeki: Wisła, Bug, Narew) i lądowych, prowadzących z Pomorza na Ruś. Podgrodzie, a później osada, wreszcie miasto, było znane z handlu drewnem, skórami, woskiem, miodem, futrami i zbożem. W XIII w. istniała kasztelania zakroczymska. Od XIV w. Zakroczym pozostawał stolicą ziemi zakroczymskiej. Od XIV do XVI w. obradowały w Zakroczymiu zjazdy i sejmy mazowieckie. Mieścił się tutaj także sąd.
Od 1531 r. odbywały się tylko sejmiki lokalne. W 1387 r. książę Janusz I ogłosił w Zakroczymiu zbiór praw dla Mazowsza. Kolonizacja prawego brzegu Wisły oraz ulokowanie w Zakroczymiu składów soli sprzyjały rozwojowi osady.
W 1422 r. zostało lokowane miasto na prawie chełmińskim. W 1448 r. powstał cech szewców, w 1525 – krawców, kuśnierzy, prosołów (handlarzy solą). Mimo niszczących miasto w 1511 i 1557 r. pożarów, należy uznać wiek XVI za najlepszy w dziejach miasta.
W 1564 r. liczyło 371 domów i ponad 1500 mieszkańców. Wybudowano także zamek, w którym jedną ze swoich siedzib ulokowali książęta mazowieccy Miasto zaczęło podupadać w XVII w. Kryzys ekonomiczny Mazowsza, rosnąca rola ościennej Warszawy i zmiana koryta rzeki Wisły ostatecznie przyczyniły się do upadku miejscowego handlu. Trudności spotęgowały zniszczenia wywołane stacjonowaniem pod miastem przez dwa lata 1656-1657 wojsk szwedzkich.
W 1662 r. liczba mieszkańców zmniejszyła się do około 400 osób. Zamek popadł w ruinę. W XVIII w. i początkach XIX w. wojny, pożary, zarazy i ciągłe przemarsze wojsk ostatecznie przyczynił się do degradacji miasta. Dopiero po 1815 r. pojawiły się czynniki sprzyjające stopniowej odbudowie lokalnej gospodarki i infrastruktury. Głównym źródłem utrzymania miejscowej ludności stało się zaopatrywanie zbudowanej nieopodal Zakroczymia twierdzy modlińskiej.
W czasie powstania listopadowego 1930-1831 r., po zajęciu Warszawy przez Rosjan, do Zakroczymia przeniósł się rząd i sejm. W końcu XIX w. powstały pierwsze przedsiębiorstwa przemysłowe. Założono papiernię, fabrykę cykorii i garbarnie. Intensywnie rozwijał się przemysł ceramiczny za sprawą miejscowej cegielni, która korzystała z obfitych pokładów gliny. Miasto słynęło z wyrobów garncarskich. Pomimo wielu różnych udogodnień, rozwojowi miasta nie sprzyjało sąsiedztwo twierdzy w Modlinie. Jej bliskość powodowała, że do 1915 r. obowiązywał w mieście zakaz budowy murowanych domów. Także względy wojskowe sprawiły, że Zakroczym ominęła kolej żelazna.
W okresie międzywojennym (1918-1939) największym przedsiębiorstwem pozostawała cegielnia. Działało także około 100 warsztatów rzemieślniczych. W czasie drugiej wojny światowej w czasie walk o twierdzę modlińską zniszczeniu uległo 70% zabudowy Zakroczymia. Wielu mieszkańców zginęło. Na terenie tzw. fortu zakroczymskiego Niemcy dokonywali masowych egzekucji.
Po wojnie miasto odbudowano tylko w części. Jego rola uległa dalszej marginalizacji. Obecnie odgrywa rolę lokalnego centrum handlowo-usługowego dla rolniczego zaplecza (głównie produkcji owoców i warzyw). Działa także drobny przemysł odzieżowy i spożywczy. Coraz większą rolę zaczyna w życiu miasta odgrywać turystyka[1.1].
Położenie geograficzne i administracyjne:
Do XVIII w. Królestwo Polskie, Księstwo Mazowieckie, województwo mazowieckie
1795-1807 Prusy
1807-1815 Księstwo Warszawskie, departament płocki
1815-1918 Rosja (Królestwo Polskie), województwo płockie, gubernia płocka, powiat nowodworski
1918-1939 Polska, województwo warszawskie, powiat warszawski
1939-1945 Niemcy (III Rzesza), prowincja Prusy Wschodnie, rejencja ciechanowska, powiat płoński
1945-1998 województwo warszawskie
Od 1999 województwo mazowieckie, powiat nowodworski
- [1.1] Miasta polskie w tysiącleciu, t. 2, Wrocław-Warszawa-Kraków Zakład Narodowy imienia Ossolińskich Wydawnictwo 1967, s. 523-525; Jerzy Kwiatek i Teofil Lijewski, Leksykon miast polskich, MUZA S.A., Warszawa 1998, s. 1045-1046.