Po raz pierwszy Moryń wzmiankowano w 1236 r. jako wieś kościelną. Prawa miejskie otrzymał w 1306 roku. Miasto było ufortyfikowane. W XV w. Moryń należał do Krzyżaków. Następnie wchodził w skład państwa brandenburskiego, potem pruskiego. Został zniszczony w okresie wojny trzydziestoletniej oraz wskutek pożarów. W XVIII w. był wyludniony (124 mieszkańców w 1719 r.), ale potem sytuacja uległa poprawie. Aż do XIX w. Moryń stanowił własność prywatną.

Z tradycyjnej roli lokalnego ośrodka usługowe wyrwało go dopiero poprowadzenie w 1877 r. linii kolejowej Szczecin – Kostrzyn ze stacją w Witnicy. Pod koniec XIX w. miasto uzyskało charakter uzdrowiskowy (zakład opiekuńczy dr Kocha od 1874) oraz letniskowy (Jezioro Morzycko – najgłębsze na Pomorzu Zachodnim), W 1939 r. liczył ok. 1,2 tys. mieszkańców. Działała tu poczta, szkoła, apteka, dwie gospody, dwie piekarnie, gorzelnia i młyn miejski. W 1945 r. został zajęty przez wojska sowieckie; wskutek walk zabudowa została zniszczona w 20%. W 2016 r. mieszkało tu ok. 1,6 tys. osób – było to zatem jedno z najmniejszych miast Polski.