Początki Bisztynka wiążą się z wsią zwaną Schoneflys (Schönfliess, Piękna Rzeka) albo Strowangen, lokowaną w 1346 r. przez wójta krajowego Brunona Luta, która w 1385 r. otrzymała prawa miejskie chełmińskie od biskupa warmińskiego Henryka Sorboma. Nowa nazwa „Bischofstein” wymieniona została po raz pierwszy w ponowieniu lokacji z 1448 r., a wiązała się z wielkim głazem narzutowym, zwanym Głazem Biskupim. Miasto otrzymało mury oraz trzy bramy: Jeziorańską (Zyborską), Lidzbarską i Reszelską. Z 1568 r. pochodzi pierwsza wzmianka o gotyckim ratuszu, nastepnie rozbudowanym w stylu barokowym. W XVII w. rynek otaczały kamienice i domy podcieniowe.

Miasteczko było kilkakrotnie niszczone: w trakcie wojny polsko-krzyżackiej (1414), w okresie wojny trzynastoletniej (1454–1466) oraz w czasie tzw. wojny kleszej (1479). Wiele razy pustoszyły je też pożary, m. in. w 1547, 1589 i 1701 roku. W 1735 r. weszły tu wojska litewskie, opowiadające się za Stanisławem Leszczyńskim, nakładając wysokie kontrybucje.

W 1466 r. miasto wraz z całą Warmią weszło w skład Polski; ukształtowała się wówczas polska nazwa „Bisztynek”. W 1568 r. biskup Stanisław Hozjusz przyznał prawo odbywania dorocznych jarmarków. Pomimo wymienionych wcześniej zniszczeń, miasteczko dobrze prosperowało, w niektórych dziedzinach rzucając nawet wyzwanie biskupiemu Lidzbarkowi.

W 1792 r. Bisztynek wszedł w skład Prus. W okresie wojen napoleońskich został spustoszony przez zarazę. W zasadzie nigdy nie wyszedł poza ramy lokalnego ośrodka gospodarczo-usługowego, choć w 1905 r. otrzymał połączenie kolejowe z Kętrzynem, Reszlem, Sątopami-Samulewem (węzeł kolejowy na linii Olsztyn – Korsze) oraz Ornetą.

W 1939 r. w mieście mieszkało 3163 osób, zatem o blisko tysiąc więcej niż obecnie. W 1945 r. w konsekwencji zimowych działań wojennych Bisztynek stracił centrum starówki, w tym najcenniejsze kamienice wokół rynku. Łączne straty sięgnęły 40% zabudowy mieszkalnej oraz 80% budynków użyteczności publicznej. Ludność niemiecka została wysiedlona na rzecz polskich ekspatriantów z Kresów Wschodnich.