Żydzi przybyli do Bobowej w 1732 roku. Sprowadził ich Michał Jaworski, ówczesny właściciel miejscowości, aby dźwignąć z upadku handel w mieście. W 1765 r. mieszkały tam 44 żydowskie rodziny[[refr:|Bobowa, [w:] Encyclopedia of Jewish Life Before and During the Holocaust, red. S. Spector, New York 2001, s. 157.]]. Kupcy żydowscy otrzymali w Bobowej liczne przywileje zarówno grupowe, jak i indywidualne; wydawano osobiste zezwolenia na obrót określonymi towarami. Sprawiło to, że Żydzi zdominowali handel w mieście. Za otrzymane przywileje kupcy płacili wysokie opłaty dziedzicom[[refr:|Majcher K., Bobowa. Historia, ludzie, zabytki, Kraków 2008, s. 21]].

Dane źródłowe podają, że na początku rozbiorów Żydzi tworzyli już zwartą i dobrze działającą gminę, która w 1765 roku wybudowała synagogę. W 1773 r. Stanisław Łętowski, ówczesny właściciel miasta, wydał przywilej, który uporządkował status prawny Żydów. Od tej pory płacili coraz wyższe podatki. Musieli oni uiszczać właścicielom Bobowej czynsz za wolność osobistą i przywileje handlowe. Zabezpieczenie hipoteczne stanowiła synagoga. Dodatkowymi podatkami obarczyli Żydów zaborcy. Do 1774 r. trzeba było płacić 1 gulden od osoby. W 1776 r. tzw. „podatek tolerancyjny” wynosił już 4 guldeny od rodziny. Patent tolerancyjny z 1785 r. wprowadził tzw. „podatek koszerny”, wysokie taksy małżeńskie oraz tzw. świeczkowe (opłata za ilość zapalonych w szabat świec).

Słownik geograficzny Królestwa Polskiego z 1880 r. podaje, że Żydzi stanowili ponad 40% ogółu mieszkańców i odgrywali ważną rolę w życiu gospodarczym Bobowej (90% sklepów, 18% warsztatów rzemieślniczych).

W nocy z 10 na 11 października 1889 r. w Bobowej wybuchł wielki pożar. O spowodowanie jego wybuchu, a także o opieszałość w gaszeniu – oskarżono Żydów. Jak podają miejscowe przekazy, pożar miała zaprószyć świeczka, płonąca w kuczce podczas święta Sukot, od której zapalił się dom, a później całe miasto. Pożar trwał całą noc i niemal doszczętnie zrujnował Bobową. Spłonęły wówczas wszystkie domy podcieniowe wokół rynku, kościół parafialny, ratusz, dwór oraz szpital[[refr:|Gass I., Żydzi w Bobowej podczas okupacji hitlerowskiej, „Rocznik Sądecki” 1995, t. XXIII.]].

Bobowa była jednym z największych ośrodków chasydyzmu na ziemiach polskich. Pierwszym cadykiem w mieście był Szlomo ben Mejer Natan Halberstam (1847–1906), wnuk Chaima Halberstama, cadyka z Nowego Sącza (on to właśnie przybrał nazwisko Halberstam od nazwy miasta, z którego pochodziła jego matka). Szlomo Halberstam przybył do Bobowej w 1893 roku. Wcześniej był rabinem w Bukowsku, Oświęcimiu i Wiśniczu, gdzie skonfliktował się jednak z Żydami o bardziej postępowych poglądach. W tym ostatnim mieście założył w 1881 r. jesziwę Ec Chaim, którą następnie przeniósł do Bobowej[[refr:|Król A., Wnuk cadyka zakłada dwór w Bobowej [online] http://www.rp.pl/artykul/230949.html [dostęp: 12.06.2014].]]. Był gorącym przeciwnikiem świeckiego nauczania i chciał zwolnić Żydów z obowiązku nauki w szkołach publicznych.

Szlomo ben Natan w swoich naukach kładł nacisk na studia talmudyczne i skromne życie[[refr:|Król A., Wnuk cadyka zakłada dwór w Bobowej [online] http://www.rp.pl/artykul/230949.html [dostęp: 12.06.2014]]. Pielgrzymowali do niego Żydzi z całej Europy Wschodniej, gdyż cieszył się autorytetem nie tylko wśród współwyznawców, ale i katolików. Uważany był wręcz za półboga i cudotwórcę. Zmarł w jednym z niemieckich uzdrowisk. Do dziś do jego ohelu na cmentarzu żydowskim w Bobowej pielgrzymują Żydzi z całego świata.

Po śmierci Szlomo Halberstama cadykiem w Bobowej został jego jedyny syn –  urodzony w 1874 r. Bencjon Halberstam, zwany Bobower Rebe, znany zwłaszcza w okresie międzywojennym. To on uczynił z Bobowej jeden z najważniejszych ośrodków chasydzkich w regionie, a nawet w kraju. Założył wiele oddziałów jesziwy „Ec Chaim” w Galicji, jego zwolennicy zakładali tzw. sztible bobowskie w wielu miastach i miasteczkach. Odwiedzali go najwięksi znawcy Talmudu, przybywający doń m.in. z Polski, Węgier i Rosji. Był aktywny na polu społecznym i politycznym, wygłaszał mowy patriotyczne. W 1936 r. protestował przeciwko zakazowi uboju rytualnego, a w 1938 r. zaapelował o pomoc dla polskich Żydów wydalonych przez Niemców do Rzeczpospolitej. Zasłynął także jako kompozytor melodii chasydzkich – nigunów, które często wykonywał podczas wieczorów szabasowych. Był ojcem siedmiu córek i czterech synów, w tym Nechemy Goldy (Chumci), której ślub z Mojżeszem Stemplem z krakowskiego Kazimierza w marcu 1931 r. przeszedł do historii. Wesele to do dziś pamiętane jest przez najstarszych mieszkańców Bobowej, gdyż przybyło na nie ok. 5 tys. pobożnych Żydów, którzy dotarli w specjalnie na tę okazję podstawianych pociągach. Tak to znamienne wydarzenie relacjonował krakowski "Nowy Dziennik":

We wtorek odbył się w Bobowej ślub syna wiceprez. Rady Gminy Żydowskiej w Krakowie p. Stempla z córką cadyka z Bobowej. Na ślub przybyły specjalnym pociągiem rzesze zwolenników cadyka i wiele gości.

Na dworcu w Bobowej oczekiwała gości weselnych banderia konna oraz oddział pieszy chasydów w specjalnych strojach. Dwór bobowski podejmował gościnnie wszystkich przybyłych. Ślub odbył się o godzinie 5 wieczorem na rynku miasteczka przy bardzo licznym udziale ludności żydowskiej z Bobowej i okolicznych miasteczek. Uczta weselna, do której zasiadło kilkaset osób, przeciągnęła się do rana[[refr:|Cyt. za: Król A., Wnuk cadyka zakłada dwór w Bobowej [online] http://www.rp.pl/artykul/230949.html [dostęp: 12.06.2014].]].

W 1931 r. cadyk przeniósł sie z rodziną do Trzebini, bliżej Krakowa[[refr:|Bobowa, Małopolskie Szlaki Dziedzictwa Żydowskiego [online] http://www.zydziwmalopolsce.pl/bobowa.php [dostęp: 12.06.2014].]]. Jego następcą w Bobowej został syn Mojsze. Na początku drugiej wojny światowej rebe Bencjon uciekł z częścią rodziny do Lwowa, gdzie 25 lipca 1941 r. został aresztowany, a następnie rozstrzelany przez Niemców[[refr:|The Bobower Rebbe, Rabbi Ben Zion bar Shlomo Halberstam (1874–1941) [online] http://www.yadvashem.org/yv/en/exhibitions/communities/trzebinia/religious_life_halberstam.asp [dostęp: 12.06.2014].]].

W okresie międzywojennym 70% radnych miejskich stanowili Żydzi. W latach 30. XX w. obserwujemy też wyraźny podział zajęć gospodarczych ludności Bobowej. Sklepów żydowskich było wówczas 61, sklepów polskich – 7, rzemieślników żydowskich – 17, rzemieślników polskich – 33.

Wehrmacht wkroczył do Bobowej 7 września 1939 r. Wkrótce potem rozpoczęły się ostre prześladowania, szykany, napady i rabunek mienia żydowskiego. W czasie wojny do Bobowej przybywało wielu żydowskich uchodźców, m.in. z Gorlic, Krynicy i okolic. W maju 1940 r. było w miejscowości jedynie 710 Żydów, a latem 1941 roku – 1272.

Zgodnie z niemieckim rozkazem w Bobowej została utworzona na początku 1940 r. Rada Żydowska (Judenrat). W maju 1940 r. jej przewodniczącym był Samuel Messinger. Obowiązkiem Judenratu było dostarczanie Żydów do prac zarządzonych przez Niemców, co początkowo odbywało się przez spontaniczne łapanki na ulicach[[refr:|Kraemer J., Bobowa, [w:] Encyclopedia of Camps and Ghettos 1939-1945, vol. II, Ghettos in German-Occupied Eastern Europe, Part A, red. P. Megargee, M. Dean, Bloomington 2012, s. 487.]]. Przy Radzie Żydowskiej założono Komitet Opieki Społecznej na czele z dr Klarą Faff, który organizował pomoc dla najbiedniejszych mieszkańców Bobowej i przesiedleńców. 3 listopada tegoż roku nastąpiło otwarcie kuchni ludowej, która wydawała 100 obiadów dziennie, 2–3 razy tygodniowo podawano mięso. Tego samego dnia otwarto też ośrodek Certes, w którym dożywiano dzieci w wieku 4–14 lat podwieczorkiem, na który składało się kakao i bułka. Podwieczorków tych wydawano dziennie 125–140. Opłata w kuchni wynosiła 20, a w ośrodku 15 groszy, jednak wnosiło ją jedynie 50% korzystających[[refr:|Archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego, A.J.D.C., sygn. 8.]]. Kuchnia funkcjonowała dzięki subwencjom Judenratu, wsparciu American Joint Distribution Comitee w Krakowie oraz darom w postaci płodów rolnych od okolicznych mieszkańców.

W październiku 1941 r., Niemcy utworzyli w Bobowej getto, w którym zgromadzono ok. 2200 Żydów. Całe centrum miasteczka stanowiło jego obszar. Przejście dla Polaków było dozwolone tylko do kościoła parafialnego. Kilka rodzin polskich, mieszkających w rynku, posiadało przepustki. Getto początkowo pozostawało otwarte, zostało ogrodzone prawdopodobnie latem 1942 roku[[refr:|Kraemer J., Bobowa, [w:] Encyclopedia of Camps and Ghettos 19391945, Vol. II, Ghettos in German-Occupied Eastern Europe, Part A, red. P. Megargee, M. Dean, Bloomington 2012, s. 487.]].

W okresie styczeń–marzec 1942 r. doszło do kilku egzekucji, wykonywanych głównie na tutejszym cmentarzu żydowskim. Pierwsza miała miejsce 5 stycznia. Dokonana została przez funkcjonariuszy gorlickiego gestapo. Zwłoki zakopano we wspólnym grobie na cmentarzu w Bobowej. 4 marca 1942 r. funkcjonariusze gestapo rozstrzelali 30 osób, w tym kobiet, mężczyzn oraz dzieci. Ciała pomordowanych pochowano w zbiorowej mogile na cmentarzu żydowskim[[refr:|Rejestr miejsc i faktów zbrodni popełnionych przez okupanta hitlerowskiego na ziemiach polskich w latach 1939-45. Województwo nowosądeckie, „Informacja Wewnętrzna/Główna Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce” 1984, nr 66/25, , ,,, , , ,s.16.]]. Podczas jednej z tych egzekucji zamordowano 5 Żydów z najbliższego otoczenia cadyka Halberstama.

Zimą 1941–1942 Niemcy przywozili do getta Żydów z mniejszych miejscowości, m.in. Brzany, Mszanki, Bielanki, Gładyszowa. Doprowadziło to do ogromnego przeludnienia getta[[refr:|Kraemer J., Bobowa [w:] Encyclopedia of Camps and Ghettos 1939-1945, vol. II, Ghettos in German-Occupied Eastern Europe, Part A, red. P. Megargee, M. Dean, Bloomington 2012, s. 487.]].

Wiosną i latem wielu Żydów z getta w Bobowej wywożono do obozów pracy w Bieżanowie Prokocimiu. 210 Żydów wysłano do Bieżanowa do pracy na kolei[[refr:|Kraemer J., Bobowa [w:] Encyclopedia of Camps and Ghettos 1939-1945, vol. II, Ghettos in German-Occupied Eastern Europe, Part A, red. P. Megargee, M. Dean, Bloomington 2012, s. 487.]].

13 sierpnia 1942 r. przeprowadzona została akcja likwidacji getta w Bobowej. 14 sierpnia Niemcy dopuścili się zbiorowego mordu i rozstrzelali na rynku bobowskim 25 osób, a pozostałych wywieźli w inne miejsca straceń. Przewodniczącemu Judenratu Messnerowi dano szansę na przeżycie, ale odmówił[[refr:|Kraemer J., Bobowa, [w:] Encyclopedia of Camps and Ghettos 19391945, vol. II, Ghettos in German-Occupied Eastern Europe, Part A, red. P. Megargee, M. Dean, Bloomington 2012, s. 488.]]. Ok. 700 Żydów – większość mieszkańców getta rozstrzelano w Stróżówce koło Gorlic (las Garbacze), a wszystkich pozostałych wywieziono do obozu pracy w Szebniach oraz gett w Gorlicach i Bieczu, skąd trafili dalej do obozu zagłady w Bełżcu. Po egzekucji okupanci rozebrali 82 domy, a materiał i majątek wysłali transportem kolejowym do Rzeszy.

Po zakończeniu wojny żaden Żyd do Bobowej już nie powrócił. Obecnie Żydzi wywodzący się z Bobowej mieszkają m.in. w Anglii, Stanów Zjednoczonych, Izraelu, Argentynie, Belgii. Siedzibą cadyka bobowskiego jest obecnie dzielnica Borough Park, stanowiąca część Brooklynu w Nowym Jorku. Chasydzi bobowscy mieszkają także w Los Angeles, Miami, Toronto, Londynie oraz Izraelu (m.in. Bnei Brak i Bat Jam).