Pierwsza wzmianka o grodzie Goniądz pochodzi z 1358 r. W XIV w. Goniądz był przedmiotem sporów między Mazowszem a Litwą, po czym w XV w. gród został włączony do Wielkiego Księstwa Litewskiego.

W 1547 r. Goniądz uzyskał prawa miejskie. Od 1569 r. połączony z Polską. W 1621 r. wielki pożar zniszczył miasto. Od 1795 r. znajdował się w zaborze pruskim, od 1807 roku w Imperium Rosyjskim, od 1815 r. w Królestwie Polskim.

W latach 1882-1892 Rosjanie wybudowali w pobliskim Osowcu twierdzę. Podczas I wojny światowej przez Goniądz przebiegała linia frontu. Miasto zostało wówczas poważnie zniszczone.

Podczas II wojny światowej we wrześniu 1939 r. Goniądz zajęły wojska sowieckie, a w czerwcu 1941 r. wojska niemieckie. W listopadzie 1944 r. ponownie wojska sowieckie. Podczas walk zniszczeniu uległo 80% zabudowy miejskiej.