Mikołajki lokowano w 1444 r. przy jeziornym przesmyku, obok którego miał być wzniesiony kościół św. Mikołaja, obsługiwany przez kapelana z Rynu – stąd nazwa. Wcześniej była to zapewne osada staropruska. Początkowo głównymi obiektami miejscowości były dwie karczmy[1.1], a także most, na którym pobierano myto. Krzyżacy posiadali monopol na połów miejscowych ryb, które odsprzedawano z zyskiem.

Po sekularyzacji Krzyżaków w 1525 r. i przejściu Prus Książęcych na protestantyzm, miejscowość zyskała charakter ewangelicki, a także w coraz większym stopniu polski, wraz z napływem osadników zza południowej granicy. W 1552 r. pastorem był tu Jakub Wilamowski.

Z czasem Mikołajki nabrały charakteru małomiasteczkowego, a prawa miejskie uzyskały w 1726 r. mocą aktu króla Fryderyka Wilhelma I. Pomimo to aż do XX w. wielu mieszkańców nadal żyło z rybołówstwa i rolnictwa, a miasteczko składało się z aż trzech jednostek osadniczych: Rynku, Knieca i Kozłowa.

Rozwój nastąpił w XIX w., wraz z rosnącą popularnością turystyczną regionu Wielkich Jezior Mazurskich. Od 1843 r. Mikołajki miały stałe połączenie parowcowe z innymi miasteczkami na pojezierzu. W 1911 r. uruchomiono połączenie kolejowe z Mrągowem i Orzyszem. Okres dużej popularności turystycznej przypadł na lata 20. XX wieku. W 1939 r. żyło tu 2631 mieszkańców. Do 1945 r. Mikołajki należały do powiatu ządzborskiego (mrągowskiego) w rejencji olsztyńskiej (Regierung Allenstein).

W epoce nazistowskiej Prusy Wschodnie zostały silnie zmilitaryzowane. W Mikołajkach ulokowała się placówka Abwehry pod kryptonimem Walli II, zajmująca się zbieraniem informacji na temat Sowietów. Raporty stąd trafiały bezpośrednio do Hitlera w Wilczym Szańcu (Gierłoż koło Kętrzyna). W 1944 r. do miasta ewakuowano archiwa samorządowe z Królewca.

W 1945 r. Mikołajki zostały włączone do Polski. W okresie powojennym zamieniły się w wielki ośrodek turystyczny, cieszący się niesłabnącą popularnością do dzisiaj (m. in. Hotel Gołębiewski – 1200 miejsc noclegowych). Szczególne wzięcie ma tutaj żeglarstwo, korzystające z wód okolicznych jezior. W 1986 r. miejscowy ośrodek radiologiczny jako pierwszy odkrył napływ skażonego powietrza po katastrofie elektrowni w Czarnobylu. W okresie PRL w miejscowości działało Państwowe Gospodarstwo Rybackie Mikołajki.

Od 1999 r. miasto należy do powiatu mrągowskiego w województwie warmińsko-mazurskim.

Bibliografia:

• Orłowicz M., Ilustrowany przewodnik po Mazurach Pruskich i Warmii, Olsztyn 1991, ss. 116–118.
• Toeppen M., Historia Mazur, Olsztyn 1995.