Początki miejscowości sięgają późnego średniowiecza — pierwsza wzmianka o wsi Visznowa pochodzi z 1349 r. z dokumentu biskupa krakowskiego Bodzanty, potwierdzającego istnienie tu parafii, liczącej wówczas 192 wiernych. XV-wieczny drewniany kościół św. Marcina spłonął w 1720 r. Wieś, należaca do dóbr królewskich — starostwa dobczyckiego. Data otrzymania przez Wiśniową, gdzie działało kilka warsztatów rzemieśłniczych, przywileju na urządzania jarmarków pozostaje niepewna. W XVI w. istniała tu szkoła parafialna, ale wkrótce wieś włączono do parafii dobczyckiej.
W 1772 r. Wiśniowa znalazła się w zaborze austriackim. Po podziale starostwa dobczyckiego klucz czterech wsi (Wierzbanowa, Kobielnik, Wiśniową, Węglówka) przeszedł w ręce prywatne. W XIX w. właścicielami dóbr zostali Romerowie. W 1846 r. miejscowi chłopi podczas rabacji galicyjskiej dowodzeni przez Jana Dudzika dopuścili się rabunku miejscowego folwarku. Dzięki skrzyknięciu przez organistę i mandatariusza grupy chłopów, przy wsparciu trzech żandarmów uratowano plebanię od splądrowania przez bandę chłopską (z innych wsi). Miejsce starcia obu grup upamiętnia stojący koło szkoły krzyż[1.1]. W połowie XIX w. ukonstytuowały się samorządy gminne. W XIX w. w Wiśniowej założono szkołę finansowaną przez państwo (1890 r.). Rosnące przeludnienie powodowało, że wielu bardziej zaradnych i energicznych mieszkańców emigrowało do Ameryki Północnej lub Francji[1.2]. W końcu XIX w. wieś liczyła ok. 1600 mieszkańców, a w 1901 r. ponownie stała się ośrodkiem parafii (kościół jest znanym sanktuarium maryjnym).
W czasie I wojny światowej, pod koniec listopada 1914 r., Wiśniowa została na krótko zajęta przez wojska rosyjskie. Podczas kampanii wrześniowej, przed świtem 04.09.1939 r. przeszły tędy w kierunku Kasiny wojska 10. Brygady Kawalerii pułkownika Stanisława Maczka. Następnego dnia obronę wzgórz nad Wiśniową organizował 24. pułk ułanów oraz 156. pułk rezerwy pułkownika Waleriana Młyńca. Podczas okupacji w oklicy aktywnie działały grupy podziemia (Armia Krajowa). 18.09.1944 r. wojska niemieckie w odwecie za wsparcie udzielane partyzantom dokonały pacyfikacji wsi — mordując bezbronną ludność cywilną, niszcząc i paląc gospodarstwa. Zginęło wówczas 78 osób, w tym 35 dzieci, spalono 13 zabudowań[1.3]. Męczeństwo mieszkańców upamiętnia pomnik na zbiorowej mogile na cmentarzu parafialnym. Po wojnie wieś została odznaczona Orderem Krzyża Grunwaldu II klasy. W latach PRL-u dokonano m.in. elektryfikacji wsi.
Gmina Wiśniowa leży w powiecie myślenickim, należącym do województwa krakowskiego, a od 1999 — małopolskiego. Samą wieś zamieszkuje ok. 2 tys. osób.
