23 sierpnia 1939 r. w Moskwie minister spraw zagranicznych Niemiec Joachim von Ribbentrop i komisarz spraw zagranicznych ZSRR, Wiaczesław Mołotow podpisali pakt o nieagresji, do którego dołączono tajny protokół, zapowiadający m.in. podział terytorialny Polski na linii rzek Narew-Wisła-San.

17 września Armia Czerwona  wkroczyła od wschodu na terytorium Polski, prowadzącej od 1 września wojnę z Niemcami. Oficjalną przyczyną była interwencja w obronie zamieszkującej Kresy Wschodnie ludności białoruskiej i ukraińskiej. Armia Czerwona napotkała bardzo słaby opór nielicznych oddziałów Korpusu Obrony Pogranicza i Wojska Polskiego.

Rząd polski nie wypowiedział wojny ZSRR, choć potępił agresję. Naczelny Wódz marszałek Edward Rydz-Śmigły wydał rozkaz nie podejmowania walki ofensywnej z oddziałami sowieckimi. Tego samego dnia, 17 września, rząd polski i Naczelny Wódz opuścili terytorium Polski i znaleźli się w Rumunii.

22 września, kiedy jeszcze trwały walki, w Brześciu (nad Bugiem) doszło do symbolicznego spotkania i defilady wojsk niemieckich i radzieckich. Tego samego dnia wojska radzieckie zajęły Lwów. 28 września podpisano „pakt o przyjaźni i granicy” między Niemcami a ZSRR, na mocy którego granicę między strefą okupacji radzieckiej a niemieckiej przeniesiono na rzekę Bug. W związku z tymi ustaleniami wojska niemieckie musiały wycofać się w terenów, które zdążyły już zająć zgodnie z postanowieniami paktu z 23 sierpnia. W ich miejsce wkroczyła Armia Czerowna. 

Obawiając się Niemców, około 200 tysięcy polskich Żydów, przedostało się na tereny zajęte przez ZSRR. Sytuacja wyglądała tam inaczej, niż pod okupacją niemiecką. Wprawdzie rozpoczęły się masowe represje, jednak nie miały one podłoża rasistowskiego lecz "klasowe". Objęły one polskich chłopów i weteranów osiadłych na terenach wschodnich po 1921 roku, przedsiębiorców i właścicieli ziemskich, inteligencję, duchownych  wszystkich wyznań oraz działaczy politycznych - w tym również Żydów.

Żydzi stanowili około 20% spośród 320 tysięcy obywateli polskich zesłanych na Syberię i do Kazachstanu. Wielu zginęło w więzieniach i łagrach, wśród nich był między innymi: prof. Mojżesz Schorr - wybitny orientalista. Skazani na śmierć i straceni przez sowieckie władze zostali między innymi Wiktor Alter i Henryk Erlich – przywódcy żydowskiej socjalistycznej partii Bund.

Po agresji Związku Radzieckiego na Polskę, do niewoli trafiło około 240 tysięcy żołnierzy WP, funkcjonariuszy Policji Państwowej, Korpusu Ochrony Pogranicza, i innych formacji – spośród nich odseparowano oficerów, których osadzono w obozach w Kozielsku, Ostaszkowie i Starobielsku i „przekazano [...] do dyspozycji Zarządów NKWD”. Zgodnie z aktualnym stanem wiedzy ponad 14,5 tysiąca jeńców wojennych – głównie oficerów Wojska Polskiego i policjantów zostało rozstrzelanych. W historiografii wydarzenie to określa się zbrodnią katyńską.

Ofiarami NKWD stali się także Żydzi służący w Wojsku Polskim. Ustalenie ich listy nie jest proste – nazwiska nie zawsze są wystarczającym wyróżnikiem, brakuje dokumentów z archiwów. Według ostatnich badań Benjamina Meirtchaka wśród ofiar zbrodni katyńskiej było około 400 Żydów. Wśród nich między innymi Baruch Steinberg, Naczelny Rabin Wojska Polskiego. Nie wiadomo ile ofiar pochodzenia żydowskiego było wśród więźniów politycznych. W większości przypadków nie można było liczyć na kontakt z krewnymi, których Niemcy wymordowali w latach Zagłady.