Początek Czerniowcom dała założona w XII w. osada na lewym brzegu rzeki Prut, położona przy szlaku handlowym łączącym Ruś Halicką z basenem czarnomorskim. W 1295 r. osada została spalona przez Tatarów; ludność przeniosła się na prawy brzeg rzeki. Od połowy XIV w. tereny, na których leżą Czerniowce, znajdowały się w składzie Mołdawii. Pierwsza pisemna wzmianka o mieście pochodzi z 1408 r., a wiąże się z przywilejem hospodara Aleksandra Dobrego dotyczącym poboru myta i ulg dla kupców lwowskich. W 1509 r. zostały spustoszone przez hetmana wielkiego koronnego Mikołaja Kamienieckiego w odwecie za najazd Mołdawian na Tarnopol i Podhajce. W 1558 r. Mołdawia znalazła się pod kontrolą Turcji. W 1770 r. na przeciwległym brzegu Prutu Niemiec baron Peter Nicolaus von Gartenberg założył nowe miasto, które od polskiej wersji jego nazwiska nazwano Sadogórą; od 1965 r. miejscowość ta stanowi północną część Czerniowców.
W 1774 r. Czerniowce znalazły się w granicach Austrii. Austriacy zadbali o ich wzrost i rozbudowę, szczególnie lokując w 1782 r. siedzibę biskupstwa prawosławnego. Przełomowy charakter miał też rok 1849, gdy Czerniowce stały się stolicą nowo utworzonego księstwa Bukowiny. Kolejny impuls rozwojowy przyniósł rok 1866, gdy uruchomiono linię kolejową Drogi Żelaznej Lwów – Czerniowce – Jassy (LCJE). W 1875 r. powstał uniwersytet, w 1877 r. – teatr miejski oraz towarzystwo muzyczne. W 1897 r. zaczęły kursować tramwaje. Miasto miało charakter wielonarodowy. Mieszkali w nim Niemcy, Rusini (Ukraińcy), Żydzi, Rumuni, Polacy. „Złoty wiek” Czerniowców wiązał się z piastowaniem urzędu burmistrza przez Polaka Antoniego Kochanowskiego (1866–1874, 1887–1905)[1.1].
Podczas pierwszej wojny światowej miasto zostało zajęte przez Rosjan w kwietniu 1916 r. W okresie 1918–1940 oraz 1941−1944 należało do Rumunii (z przerwą na okupację sowiecką w latach 1940–1941). W 1930 r. liczyło 112 427 mieszkańców, w tym 38% Żydów, 27% Rumunów, 15% Niemców, 10% Ukraińców, 8% Polaków i polskich Ormian.
Zdobyte przez Armię Czerwoną w 1944 r., zostało w 1945 r. włączone do Ukraińskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Od 1991 r. należy do niepodległej Ukrainy. Przebieg granicy ukraińsko-rumuńskiej, a w ślad za nim przynależność północnej Bukowiny z Czerniowcami do Ukrainy, została zatwierdzona dwoma traktatami, zawartymi dopiero w 1997 i 2003 r.[1.2]