Żydzi zaczęli osiedlać się w Kańczudze pod koniec XVI w., ale zgodnie z dekretem Władysława IV z 1638 r. przynależeli oni do gminy przemyskiej, co dawało im prawo do korzystania z tamtejszego cmentarza. Właściwy cmentarz gminy w Kańczudze powstał prawdopodobnie na przełomie XVIII i XIX w., bowiem wiadomo, że już pod koniec pierwszej połowy XVIII w. istniała tu już bóżnica, a w 1785 r. mieszkało w Kańczudze 199 Żydów. Z pewnością cmentarz funkcjonował w XIX w., gdy w 1870 r. do gminy przynależało już 726 osób.

Cmentarz o powierzchni 0,44 ha powstał wśród pól na wzgórzu we wsi Siedleczka, 300 m od drogi wiodącej do Dynowa. Chowano na nim nie tylko Żydów z Kańczugi, ale także z sąsiednich miejscowości, między innymi Białoboków, Markowej, Manasterza, Zagórza czy Chmielnika.

Na początku okupacji w 1939 r. Niemcy zakazali stawiania macew na nagrobkach. W kolejnych latach cmentarz był dewastowany, a na jego terenie Niemcy przeprowadzali egzekucje. W czasie likwidacji getta tuż obok cmentarza w sierpniu 1942 r. rozstrzelano ponad 100 osób, a ich zwłoki pogrzebano na miejscu. „Poprowadzono ich na »okop«. Prowadzili ich grupami po 50 osób – mówi Alfred Maksymowicz – Nikt nie próbował uciekać, chociaż taką grupę eskortowało tylko dwóch Niemców i jeden granatowy policjant. Na »okopie« – starym żydowskim cmentarzu – zostało wówczas rozstrzelanych 200 Żydów [...]. Jak ich zasypali, ziemia się jeszcze ruszała”[1.1]. Po 1945 r. nad zbiorową mogiłą wzniesiono pomnik.

Zachowało się na niej ok. 60 nagrobków (w 1990 r. było ok. 200). Są to w większości tradycyjne macewy z piaskowca, często już z zatartymi inskrypcjami. Od 1990 r. nekropolia jest wpisana do rejestru zabytków pod nr. A-350, na mocy decyzji z dn. 05.02.1990.

W 2008 r. z inicjatywy Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego oraz ziomkostwa Żydów z Kańczugi przeprowadzono na cmentarzu prace porządkowe oraz wzniesiono murowane ogrodzenie z bramą, na której umieszczono tablice informacyjne.

W 2019 r. pochodzący z Kańczugi i mieszkający w Nowym Jorku Patryk Czerwony zorganizował internetową zbiórkę środków na uporządkowanie cmentarza. Pieniądze zostały przekazane gminie Kańczuga, a następnie wykorzystane na odnowienie bramy wejściowej i ogrodzenia, wycięcie roślinności oraz usunięcie suchych gałęzi.