Pierwsze wzmianki o miejscowości pochodzą z roku 1495. Nazywała się wtedy jeszcze Niwice. W 1548 r. wieś otrzymał Stanisław Niemira herbu Gozdawa z Ostromęczyna. Jego wnuk Stanisław Niemira, kasztelan podlaski, uzyskał dla miejscowości prawa miejskie i zmienił nazwę na Niemirów. W 1620 r. właściciele wytyczyli duży rynek i ufundowali kościół.

Od 1631 r. Niemirów występuje w dokumentach jako miasto. W czasie potopu szwedzkiego uległ dużym zniszczeniom, w 1662 zostało tu tylko 88 mieszkańców. Miasto odbudowano w pierwszej połowie XVIII wieku, gdy właścicielem miasta został ród Czartoryskich.

W 1775 r. Niemirów otrzymał od króla Stanisława II Augusta prawo do dwóch targów w tygodniu i dwóch jarmarków w roku, co spowodowało rozwój handlu i napływ ludności żydowskiej. W latach 1795–1807 zbiegały się tu granice trzech zaborów, a sam Niemirów znalazł się w zaborze rosyjskim.

We wrześniu 1939 roku ludność została zmuszona przez władze radzieckie do opuszczenia miasta ponieważ na Bugu powstała granica radziecko-niemiecka. Mieszkańcy wrócili po zajęciu terenów przez Niemców w 1941 r. Prawa miejskie Niemirów utracił w 1944 r., po zniszczeniach wojennych.