Cmentarz żydowski w Toruniu jest położony przy Jakubskim Przedmieściu, między ulicami Antczaka, Pułaskiego i Konopackich. Nieznana jest dokładna data jego powstania – prawdopodobnie istniał już w 1723 roku. Wzmiankowany jest też w 1810 r., kiedy to władze miejskie zakazały ludności chrześcijańskiej wypasu bydła na terenie nekropolii. Cmentarz był podzielony na cztery kwatery, porośnięty drzewami. W jego obrębie znajdował się dom przedpogrzebowy oraz mieszkanie stróża, gospodarstwo ogrodnicze, pracownia kamieniarska, stajnia i wozownia.

W 1925 r. na skutek zmiany biegu ulicy Pułaskiego dokonano niewielkiej korekty terenu kirkutu. W latach 30. XX w. za miejsce na tym cmentarzu płacono od 10 do 500 zł, a za postawienie pomnika od 10 do 1000 zł. Gmina posiadała także grunt w sąsiedztwie cmentarza, na wypadek, gdyby ten miał być powiększony[1.1].

Podczas II wojny światowej Niemcy zamierzali zniszczyć nekropolię, jednak plany te nie zostały zrealizowane. Po wyzwoleniu zabudowania cmentarne wynajęto prywatnej osobie. Po 1956 r. opiekę nad tym miejscem powierzono Zarządowi Zieleni Miejskiej. Lata PRL przyniosły dewastację cmentarza. Pomniki były masowo kradzione i wykorzystywane przez zakłady kamieniarskie. W listopadzie 2009 r. przedstawicielowi Muzeum Historii Żydów Polskich udało się odnaleźć jeden z takich nagrobków na pobliskim cmentarzu katolickim. Jak twierdzą mieszkańcy Torunia, inny pomnik z cmentarza żydowskiego posłużył jako materiał na tablicę pamiątkową ku czci miejscowego komunisty, Marcelego Nowickiego.

W 1966 r. władze miejskie podjęły decyzję o likwidacji i splantowaniu nekropolii, co nastąpiło jednak dopiero w 1975 roku. Przytoczmy tu fragment listu, przesłanego do Ambasady Izraela przez jednego z mieszkańców Torunia:

Pod koniec lat sześćdziesiątych z inspiracji ówczesnych władz partyjnych wydano polecenie likwidacji cmentarza żydowskiego. Cmentarz ten obejmował teren około 80 x 100 metrów, był zadrzewiony i zakrzewiony. Znajdowało się tam około 60–80 grobowców z marmuru i innych kamieni. Niektóre groby były bardzo okazałe i świadczyły o zamożności pochowanych tam Żydów. Wszystko, co tam się znajdowało, zostało rozebrane. Część kamieni nagrobkowych przewieziono do Zakładu Kamieniarskiego Miejskiego Przedsiębiorstwa Gospodarki Komunalnej przy ul. Szosa Chełmińska, a część pod osłoną nocy w przeciągu kilku dni po prostu rozkradziono. Cały teren zniwelowano, zasiano trawą i dziś stanowi on zielony teren rekreacyjny.

Mimo dużej ilości nawiezionej ziemi, jeszcze przez jakiś czas deszcze wypłukiwały szczątki zmarłych.

O tym, jak wyglądała ta nekropolia przed 1975 rokiem, wiemy dzięki inwentaryzacji cmentarza, sporządzonej przez Bohdana Horbaczewskiego z Pracowni Konserwacji Zabytków. Spisane wówczas zostały personalia zmarłych, wykonano fotografie nagrobków. Najstarsza zidentyfikowana macewa pochodziła z 1847 roku i należała do Meira Gurmana.

Do lat dziewięćdziesiątych XX w. zachował się jeszcze drewniany dom przedpogrzebowy z resztkami ornamentyki. Budynek ten zniknął z krajobrazu miasta wkrótce po wpisaniu terenu cmentarza do rejestru zabytków w 1991 roku. O tym zdarzeniu na łamach „Gazety Regionalnej” obszernie pisała red. Kinga Nemere-Czechowska:

Dom rozebrali ludzie – twierdzą mieszkańcy bloków sąsiadujących z cmentarzem – Najpierw pijacy urządzili sobie tam melinę, a dzieci skakały po dachach. Potem rozpoczęła się stopniowa rozbiórka – jedni wyrywali okna, inni brali deski na opał. Bardzo szybko doprowadzili dom do ruiny. Raz gasiliśmy w nim mały pożar. Nikt nie dbał o budynek, ani nikt go nie zabezpieczył. Pewnego dnia przyjechała spycharka i dokończyła dzieła.

W 2008 r. z dawnego układu przestrzennego cmentarza zachowały się: granica południowa czytelna na całym odcinku, w części wyznaczona ceglanym, otynkowanym murem wysokości 1,5 m, a w części ceglanym otynkowanym cokołem, który w przeszłości stanowił prawdopodobnie podstawę przęseł ogrodzenia; wzdłuż wschodniej granicy w części znajdował się otynkowany mur, a w części płot z siatki; od strony zachodniej krawędź cmentarza wyznaczał chodnik przy ul. Pułaskiego (w północnym odcinku tej zachodniej granicy cmentarza zachowały się słupy bramne będące pozostałością po bramie cmentarnej); granica północna uległa przekształceniu na skutek budowy ul. Konopackich (chodnika i jezdni) oraz budowy bloku mieszkalnego. Wśród starodrzewia porastającego kirkut można dostrzec gatunki takie jak: kasztanowiec, lipa, klon. Od strony ul. Antczaka wejście na cmentarz wiedzie schodami z płyt i krawężników betonowych, zbudowanych zapewne współcześnie. Podobne schody znajdują się od strony ul. Pułaskiego i w północno-wschodnim narożniku cmentarza na wyjściu z terenu w otoczeniu bloku mieszkalnego[1.2].

Jesienią 2009 r. z inicjatywy miejscowych społeczników i lokalnych władz, cmentarz został uporządkowany. Wytyczono alejki, na filarach dawnej bramy osadzono dwie furtki. W centralnej części nekropolii ustawiono głaz z napisem o treści: „Teren cmentarza żydowskiego. Miejsce rabina Hirsza Cwi Kaliszera (1795–1874) oraz żydowskich mieszkańców Torunia. Uszanuj miejsce wiecznego spoczynku”. Stojącą opodal lipę – pomnik przyrody – nazwano imieniem rabina Kaliszera. Uroczyste odsłonięcie pomnika nastąpiło w dniu 16 listopada 2009 roku. W ceremonii wzięli udział przedstawiciele władz, duchowieństwa, środowisk żydowskich oraz licznie przybyli torunianie. Pod koniec 2010 r. na terenie cmentarza pojawiły się tablice informacyjne, przypominające o historii tego miejsca. W 2015 roku lipa uległa zniszczeniu w wyniku nawałnicy[1.3] Obecnie na cmentarzu znajduje się jedynie fragment jej pnia (stan na październik 2022 roku).