Cmentarz żydowski w Zakopanem znajduje się na zboczu Bachledzkiego Wierchu, na wysokości 900 m n.p.m., co czyni go najwyżej położonym cmentarzem żydowskim w Polsce. Współcześnie teren nekropolii został ogrodzony. Jego powierzchnia wynosi ok. 1800 m kw.

Uroczyste otwarcie cmentarza odbyło się w niedzielę 27 grudnia 1931 roku. Według krakowskiego „Nowego Dziennika" w bożnicy zebrali się prawie wszyscy spośród zakopiańskich Żydów i wielu czasowo przebywających gości wraz z rabinem m. Katowic doktorem Chamajdesem. Przybyli również przedstawiciele zakopiańskich władz: burmistrz Leopold Winnicki, wice burmistrz Jan Jacina, starosta Skalecki, dyrektor Banku Podhalańskiego i prezes Związku Górali Wojciech Krzeptowski, prezes Kongregacji Kupieckiej Antoni Krzyżak, architekt miejski inż. Adam Uelm-Pirgo, komisarz Gawlik, radny Stanisław Niemczyk. Przemówienie wstępne wygłosił dr Adolf Statter, który podziękował władzom za przychylne ustosunkowanie się i za udzielenie pozwolenia na budowę cmentarza. Modły odprawił zakopiański kantor p. Muller, po czym rabin Eliasz Eichenstein określił rytualne znaczenie cmentarza i wezwał do popierania wysiłków Komitetu Budowy Synagogi. Na zakończenie kantor Leser z Nowego Targu odprawił nabożeństwo ku czci prezydenta RP Ignacego Mościckiego i marszałka Józefa Piłsudskiego. Po nabożeństwie wszyscy udali się saniami na cmentarz, na Bachledzki Wierch, gdzie nastąpiły modły i tradycyjne siedmiokrotne obchodzenie placu cmentarnego. Dr Bertold Lass podziękował przedstawicielom władz za poparcie jakiego doznał u nich Komitet Budowy Cmentarza, bez której to pomocy dzieło to znacznego doznałoby opóźnienia. Dyrektor Wojciech Krzeptowski i komisarz Gawlik wyrazili w imieniu władz zadowolenie z otwarcia cmentarza i podkreślili, że wobec majestatu śmierci wszyscy jesteśmy równi.

Teren cmentarza był ogrodzony drewnianym płotem z desek. obok zbudowano drewniany domek dla dozorcy, kostnicę i pomieszczenie gospodarcze. Był własnością Żydowskiego Stowarzyszenia Pielęgnacji Chorych Bikur Cholim. Cmentarzem opiekowało się Żydowskie Stowarzyszenie Pogrzebowe Chewra Kadisza. któremu prezesował M. Sapsc. Do 1939 r. odbyło się tu kilkadziesiąt pogrzebów. Zgodnie z tradycją macewy zwrócone były w kierunku wschodnim. Powstanie cmentarza było krokiem naprzód w dążeniu do stworzenia w Zakopanem odrębnej Żydowskiej Gminy Wyznaniowej, co też po wybudowaniu nowej synagogi udało się uzyskać w 1938 roku.

W czasie okupacji, w latach 1941–1942. Niemcy zniszczyli cały cmentarz – rozebrali ogrodzenie i domek, macewy zostały powywracane i częściowo zniszczone. Bezpośrednio po wojnie macewy zaginęły i trudno jest dziś ustalić co się z nimi stało.

Pozostało tylko kilka kamiennych i betonowych płyt zaznaczających groby. Cmentarz zniknął wśród traw i zarośli. W zbiorach Muzeum Tatrzańskiego przechowywane są zdjęcia cmentarza wykonane przez dr. Henryka Josta przed i po zniszczeniu. Dopiero w 1988 r., z inicjatywy Towarzystwa Opieki nad Zabytkami, Oddział Podhalański im. Stanisława Witkiewicza opracowano projekt ochrony i uporządkowania cmentarza. Cmentarz miał być ogrodzony, planowano również postawienie odlanego z brązu pomnika według projektu artysty rzeźbiarza Michała Gąsienicy-Szostaka. Niestety, nieuregulowana sprawa własności działki i brak formalnego porozumienia TOnZ z Żydowską Gminą Wyznaniową w Krakowie nie pozwoliły wtedy na realizację tych planów.

W dniu 13 października 2004 r. miało miejsce uroczyste otwarcie odnowionego cmentarza. Z liczącej przed wojną ponad 3 tys. osób gminy żydowskiej bardzo nielicznym udało się przetrwać Zagładę. Jednym z ocalonych był ambasador Stanów Zjednoczonych na Słowacji Ronald Weiser, który współpracując z Fundacją Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego przyczynił się do odnowienia cmentarza.