W okresie okupacji w czasie drugiej wojny światowej na terenie Baczkowa Niemcy dokonywali masowych egzekucji Żydów z Bochni. Między innymi w dniu 25 sierpnia rozstrzelano tu ok. 500 ofiar. Byli to głównie starcy,  pacjenci ze szpitala w getcie i dzieci – niezdolni przeżyć transport do niemieckiego nazistowskiego ośrodka zagłady w Bełżcu.

Po wyzwoleniu miejsce pochówku ofiar Zagłady upamiętnione zostało zbiorową mogiłą. Inskrypcja znajdująca się na pomniku wymienia nazwiska niektórych zabitych: Chaja Symcha Banach, Samson Brerman, Chaja Rachel (nazwisko nieczytelne), Szloma Erlich, Ita Ebner, Jehuda Leib Feinger, Samuel Feniger, kobieta o nazwisku Frager z córką, Chaim Samson Garfunkel, Natan Genger, Aron i Chana Greiwerowie, Alster Leib Gutfreund, Regina Gutfreund, Sara Landerer, Lernerowie, Jehuda i Małka Matzner, Mendel Brauch Nabel, Eliezer Plaster, Helena Reich, Reizl Gisl córka Abrahama, Neftali Herz Rosner z żoną Rachel, Akiba Rotkopf, Chaim Szehnberg, Icchek i Pesil Ulmanowie, Rebeka Weinfeld. Wiele nazwisk jest niedokładnych, wielu brakuje, ponieważ lista podawana była z pamięci[1.1].