Lokalizacja cmentarza żydowskiego z czasów pierwszego osadnictwa Żydów w Gorzowie Wielkopolskim przed 1510 r. nie jest znana. Po powrocie do miasta w połowie XVII w.  Żydzi w pierwszej kolejności rozpoczęli starania o lokację cmentarza. Założono go na zachód od miasta w pobliżu drogi na Kostrzyn. Pierwsza źródłowa wzmianka o cmentarzu pojawiła się w 1723 r., a najstarszy zachowany nagrobek pochodzi z 1759 roku – jest to grób Mordechaja Nojena. Ostatni pochówek miał ponoć miejsce w 1936 r., a w 1942 r. cmentarz został zamknięty.

Przed wojną cmentarz leżał na północ od ulicy Sonnenweg (obecnie ul. Gwiaździsta 24). Liczy 0,72 ha powierzchni. Jest częściowo położony na południowym stoku wzgórza, w którym wyodrębnia się wąwóz. W układzie topograficznym zachowała się główna aleja obsadzona po obu stronach kasztanowcami. Czytelny jest również układ poszczególnych kwater i alejek. W latach 1815–1835 cmentarz otoczono murem, częściowo zachowanym do dziś.

Przy murze cmentarnym zachowały się okazałe grobowce należące do zamożnych rodzin żydowskich (10 pomników). Ze względu na powojenne dewastacje zachowało się niewiele nagrobków: 36 macew leżących, 23 macewy połamane, 10  macew stojących i 92 obramowania po grobach.

W połowie XIX w. wybudowano z nieotynkowanej cegły dom przedpogrzebowy, który przetrwał do dziś. Mimo zmian w fasadzie zachował się biegnący pod linią dachu fryz utworzony z gwiazd Dawida. Narożniki budynku zwieńczone są wieżyczkami, zakończonymi iglicą. Ozdoby te swoją formą nawiązują do podobnych dekoracji na gorzowskiej synagodze. W 1927 r. w bliżej nieokreślonych okolicznościach został wybudowany drugi dom przedpogrzebowy, w bezpośredniej bliskości pierwszego. Miał mieć kubistyczne formy, choć dziś – po licznych przebudowach – trudno to ocenić.

W styczniu 1942 r. podjęta została próba likwidacji cmentarza. Jedna z gorzowskich firm kamieniarskich zwróciła się do magistratu z propozycją zakupu nagrobków. Magistrat dał odpowiedź negatywną, twierdząc, że nie jest właścicielem cmentarza. Sugerowano, aby w tej sprawie zwrócić się do odpowiedzialnego za cmentarz męża zaufania do spraw żydowskich, Maxa Koschminskiego. Nie jest znany dalszy tok sprawy, a Koschminsky, jako jeden z ostatnich gorzowskich Żydów, w nocy z dnia 24 na 25 sierpnia 1942 r. został wywieziony na wschód do obozu przejściowego Tilsit-Königsberg.

Cmentarz przetrwał wojnę w dobrym stanie, dopiero od 1945 r. był systematycznie dewastowany. Służył jako śmietnik okolicznym działkowcom oraz jako kamieniołom złodziejom granitu i marmuru. Sąsiedztwo ze szkołą podstawową również zrobiło swoje. Największe zniszczenia przypadają na lata osiemdziesiąte XX wieku. Domy przedpogrzebowe przekształcono na warsztaty. Do lat dziewięćdziesiątych XX w. należały do Zakładu Remontowo-Budowlanego Szkół, a później do prywatnej firmy „Hydromel”.

Próby ratowania cmentarza zaczęły się w 1993 roku. Przeprowadzono wówczas wycinkę krzaków i samosiejek. Konserwator zabytków zlecił przetłumaczenie epitafiów z 56 zachowanych macew. W 1999 r. przy udziale finansowym gorzowskich Niemców i środków PHARE cmentarz został uporządkowany. Powstało lapidarium, odtworzono również bramę cmentarną, w którą wmurowano pamiątkową tablicę z napisem: „Świadkiem niech będzie ten kamień” (w języku hebrajskim, niemieckim i polskim) oraz odmówiono kadisz. W uroczystości z 16 czerwca 2000 r. wziął udział gorzowski Żyd Joachim Salomonski-Hermann.

Po 2000 r. cmentarz znowu popadł w zapomnienie. Zabytkowe grobowce rodzinne pomalowane zostały graffiti. Powoli postępował proces dalszej degradacji. W wyniku presji medialnej władze miasta usunęły graffiti w maju 2008 roku. W chwili obecnej cmentarz jest administrowany przez Fundację Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.

Dnia 23.02.2006 r. cmentarz żydowski w Gorzowie został wpisany do rejestru zabytków pod nr.  L–194A. Jest jedynym w Polsce obiektem żydowskim z dwoma domami przedpogrzebowymi, który przetrwał do naszych czasów.