Pierwsza synagoga w Kępnie została wzniesiona w 1689 r. w pobliżu rynku, przy ul. Łazienkowej. Był to drewniany budynek, który w XVIII w. przetrwał kilka pożarów. Na początku XIX w. postanowiono zastąpić go nową, murowaną budowlą.

W 1814 r. na zlecenie gminy żydowskiej w Kępnie mistrzowie murarscy z Brzegu na Dolnym Śląsku – Friedrich Wilhelm Scheffler i Karl Friedrich Scheffler opracowali projekt nowej murowanej synagogi. Prace budowlane ukończono w 1815 r. Budynek synagogi wzniesiony został w stylu klasycystycznym. Remonty odbyły się w 1893 i 1924 r.

W czasie II wojny światowej synagoga została zamieniona przez Niemców w ujeżdżalnię koni. Później wykorzystywano ją jako magazyn. W 1973 r. wybuchł pożar, który dokonał we wnętrzu budynku ogromnych zniszczeń. W latach 1988–1990 rozpoczęto prace remontowe, które jednak wstrzymano. Od 1999 r. formalnym właścicielem budynku była Żydowska Gmina Wyznaniowa we Wrocławiu[1.1].

29 maja 2009 r. w Warszawie został podpisany akt, na mocy którego Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich w Rzeczypospolitej Polskiej przekazał gminie Kępno synagogę w formie darowizny. Została ona obłożona pewnymi warunkami. Synagoga może być wykorzystana, wyłącznie na cele kulturalne, tj. na muzeum, jako sala koncertowa, wystawiennicza. Nie można jej wynająć, oddać w użytkowanie albo użyczenie osobom trzecim, za wyjątkiem Kępińskiego Ośrodka Kultury oraz Muzeum Ziemi Kępińskiej, na ich cele statutowe. Ponadto gmina Kępno zobowiązała się do nieodpłatnego użyczenia synagogi Związkowi Gmin Wyznaniowych Żydowskich Rzeczypospolitej Polskiej dwa razy w roku, na okres do 14 dni na organizowane przez nią uroczystości.

Na przełomie 2024 i 2025 r. przeprowadzona została rewitalizacja gmachu synagogi. W ramach przeprowadzonych prac zrekonstruowano historyczną elewację zewnętrzną oraz odnowiono wnętrze z salą, dużą sceną i balkonem. Budynek został także przystosowany do potrzeb osób niepełnosprawnych.

W maju 2025 r. w kępińskiej synagodze otwarte zostało Centrum Aktywizacji Społeczno - Kulturalnej "Centrum Synagoga". Gmach, który przez lata popadał w ruinę, stał się miejscem organizacji warsztatów, szkoleń, wystaw, a także spektakli oraz występów muzycznych i teatralnych.