Pod koniec XVIII w. cmentarz przy synagodze Remu został zamknięty. Nowe miejsce pochówku dla krakowskich Żydów, które funkcjonuje do dziś, powstało poza granicami Kazimierza. Założono je w 1800 r. na gruncie zakupionym przez gminę żydowską od zakonu augustianów. W 1836 r. teren został powiększony o dalszy fragment zakupiony od zakonników. Pomimo powiększenia obszaru cmentarza, w okresie międzywojennym zabrakło miejsca na pochówki. W związku z tym w 1926 r. gmina zakupiła grunt na terenie wsi Wola Duchacka pod Krakowem, z przeznaczeniem pod kolejny cmentarz.

W latach 1902–1903 przy wejściu na cmentarz wzniesiono dom przedpogrzebowy, który zastąpił poprzedni budynek, niespełniający norm sanitarnych. Nowy dom przedpogrzebowy, zbudowany z cegły, na planie prostokąta, składał się z hali z przedsionkiem, sali modlitw, pomieszczenia do rytualnej ablucji zwłok, dwóch kostnic, sali do przeprowadzania sekcji zwłok, kancelarii, stróżówki i mieszkania dozorcy, wozowni.

Podczas I wojny światowej w obrębie cmentarza utworzono cmentarz wojskowy numer 387, na którym pochowano 148 żołnierzy pochodzenia żydowskiego.

W latach okupacji niemieckiej podczas drugiej wojny światowej cmentarz został zdewastowany. Na polecenie Niemców część nagrobków wykorzystano do prac budowlanych w obozie pracy przymusowej w Płaszowie, a inne sprzedano właścicielom zakładów kamieniarskich. W 1941 r. Stadthauptmann Rudolf Pavlu zakazał chowania zmarłych  na cmentarzu przy ul. Miodowej. Dotychczasowy dozorca Pini Ladner otrzymał pozwolenie na pozostanie w budynku na terenie cmentarza, ale w 1943 r. razem z rodziną został rozstrzelany. 

Po 1945 r. część nagrobków z Płaszowa przewieziono na cmentarz przy ul. Miodowej. Uporządkowanie cmentarza przeprowadzono w 1957 r. ze środków organizacji American Jewish Joint Distribution Committee. Przy wejściu wzniesiono zaprojektowany przez Macieja Jakubowicza pomnik ku czci pomordowanych w czasie Zagłady.  Na cmentarzu pojawiły się liczne nagrobki symboliczne, upamiętniające ofiary Zagłady. W głębi cmentarza ustawiono pomniki upamiętniające rozstrzelanych w Tymbarku koło Limanowej, Skawinie, Wesołej koło Słomnik, Olszanicy. W 1989 r. Fundacja Rodziny Nissenbaumów wykonała na cmentarzu prace porządkowe. 

Obecnie cmentarz zajmuje powierzchnię 4,25 h. Przy wejściu znajduje się dom przedpogrzebowy. Szacuje się, że na terenie cmentarza znajduje się ponad 10 tys. nagrobków, w większości w formie tradycyjnych stel, z inskrypcjami w języku hebrajskim. W połowie XIX w. pojawiły się niemiecko- i polskojęzyczne epitafia nagrobne, będące przejawem zmian zachodzących wśród Żydów krakowskich.

Na cmentarzu znajdują się groby najbardziej znanych Żydów krakowskich, m.in. rodzin Landauów, Schreiberów, Samelsohnów, Kornitzerów, Horowitzów, Ameisenów. Pochowani są tu m.in.: Jakub Drobner (1827–1896 – lekarz i uczestnik powstania styczniowego); Maurycy Gottlieb (1856–1879 – malarz); Ozjasz Thon (1870–1936 – rabin i poseł na Sejm II Rzeczypospolitej); Józef Sare (1850–1929 – budowniczy, wiceprezydent Krakowa w latach 1905–1929); Jonatan Warszauer (1820–1888 – lekarz, dobroczyńca biednych Żydów); Józef Oettinger; Józef Rosenblatt (profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego). Na cmentarzu są także groby krakowskich rabinów, dajanów i seniorów gminy żydowskiej: Cwi Hirsza Dawida ha-Lewiego, Aleksandra Sendera Herszla Landaua, Szymona Schreibera, Chaima Arie Libusza Horowitza, Jozefa Nechemiasza Kornitzera, dr Szymona Samuelsohna, Jehudy Birnbauma, Hirsza Landaua, Icchaka Baumingera, dr Samuela Tilesa, dr Rafała Landaua. 

Cmentarz jest również miejscem spoczynku cadyków: Kalonimusa Kalmana ha-Lewi Epsteina syna Aharona, zmarłego w 1823 r. propagatora chasydyzmu w Krakowie, ucznia  Elimelecha z Leżajska, autora księgi Maor we-Szemesz; Aharona Epsteina syna Kalonimusa Kalmana, zmarłego w 1881 r., kontynuatora dzieła ojca, założyciela chasydzkiego domu modlitw w Krakowie; Szlomo Zalmana syna Abrahama, zmarłego w 1857 r. twórcę dynastii chasydzkiej w Wielopolu; Szmuela Teitelbauma syna Eleazara Nisana, zmarłego w 1888 r. cadyka i dajana w Gorlicach; Arona Elimelecha Sznuera Zalmana syna Mordechaja Dowa Bera, zmarłego w 1923 r. cadyka w Ajgentówce, Krośnie i Krakowie. Spis zachowanych nagrobków został opracowany w latach 90. przez Beniamina Yaariego i Związek Krakowian w Izraelu.

Cmentarz stanowi własność Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Krakowie. Służy jako miejsce pochówku Żydów z Krakowa i okolicznych miejscowości, jest również udostępniony do zwiedzania (codziennie oprócz sobót i świąt żydowskich).

Cmentarz został wpisany do rejestru zabytków pod numerem A-1101 w dniu 24.03.1999 roku.

Bibliografia

• Bieberstein A., Zagłada Żydów w Krakowie, Kraków 1986.
• Drogomir J. J. P., Polegli w Galicji Zachodniej 1914–1915 (1918), t. III, Tarnów 2005, 
• Hońdo L., Nowy cmentarz żydowski w Krakowie, Kraków 2006.
• Hońdo L., Dom przedpogrzebowy przy żydowskim nowym cmentarzu w Krakowie, Kraków 2011.
• Wodziński M., Groby cadyków w Polsce, Wrocław 1998.