We wczesnym średniowieczu istniał tu gród leżący nad rzeką Obrą. Miejscowość po raz pierwszy została wymieniona w dokumentach w 1307 r. Z pierwszych przywilejów miejskich osada korzystała już pod koniec XIV w, jednak pełnię praw miejskich Trzciel uzyskał dopiero w 1458 r. od króla Kazimierza Jagiellończyka. Podczas wielkiego pożaru z 1655 r. w czasie wojny polsko-szwedzkiej spłonęły wszystkie dokumenty miejskie.

W czasie wojny trzydziestoletniej uciekinierzy protestanccy ze Śląska znaleźli schronienie w rejonie Trzciela. Tolerancyjny hrabia Bnin pozwolił im osiedlić się po zachodniej stronie Obry, naprzeciw trzcielskiej starówki. Do dziś Trzciel zachował charakterystyczny układ zabudowy z dwoma rynkami. Początkowo rozwijał się na prawym brzegu Obry (Stary Trzciel), a w XVIII w. na lewym brzegu z osady dawnych uciekinierów rozwinęło się drugie miasto (Nowy Trzciel). Osiedlali w nim protestanci przybywający ze Śląska i Brandenburgii. Nowy Trzciel miał własnego burmistrza, rozwijał się i szybko stał się silniejszy gospodarczo od Starego Trzciela. Oba miasta zjednoczyły się dopiero w 1888 r.

Trzciel należał początkowo do Królestwa Polskiego, jednak po drugim rozbiorze Polski w 1793 r. przypadł Prusom. Po I wojnie światowej w 1920 r. na mocy postanowień Traktatu Wersalskiego granica polsko – niemiecka przecięła Trzciel, zostawiając centrum miasteczka i jego większą część po stronie niemieckiej, natomiast stacja kolejowa nieczynnej dziś linii Międzychód – Zbąszyń, kilka folwarków i jeden cmentarz przypadły Polsce. Nowo powstała granica podzieliła również jeden z domów, który stał się motywem wielu widokówek z Trzciela, jako „dom w dwóch krajach”. Wynikiem podziału Trzciela przez granicę państwową było też wybudowanie linii kolei lokalnej Trzciel – Lutol Suchy.

Na początku II wojny światowej w mieście urządzono na krótko obóz pracy dla Żydów. W 1944 r. rozpoczęto budowę systemu umocnień, mającego na celu ochronę przed zbliżającą się ofensywą Armii Czerwonej. W walkach ze stycznia 1945 r. umocnienia te wspomniano wprawdzie pod nazwą „Tirschtiegel-Riegel”, czyli Trzcielski Rejon Umocniony, jednak nie odegrały one istotnej roli militarnej. Pozostałości umocnień można spotkać jeszcze dziś na północ od Trzciela w rejonie Obry. W 1945 r. miasto zajęli Rosjanie i wkrótce przekazali je w ręce polskiej administracji. Ludność niemiecką wysiedlono.

W mieście nie ma dużych zakładów przemysłowych. Trzciel znany jest z wyrobów wikliniarsko-trzciniarskich (meble, koszyki) nie tylko w kraju, również z uprawy szparagów, dzięki czemu zyskał miano „szparagowego zagłębia”.