היהודים הראשונים הופיעו בשצ'צ'ין בימי הביניים.  בתחילה, הם היו סוחרים שנסעו בדרכי מסחר. בשנת 1261, הדוכס  הפומרני ברנים הראשון, הכיר את שצ'צ'ין כעיירה על פי חוקי המגדבורג, העניק לכל התושבים זכויות שוות, כולל ליהודים, ונתן להם אפשרות לכהן בתפקידים. נסיכים רצופים אישרו את הפריבילגיה הזו.

אולם עם הזמן החלו להנהיג הגבלות בערי דוכסות פומרניה, למשל איסור רכישת נדל''ן. היה קורה שהיהודים נאלצו לקנות את הזכות להתגורר בעיר.  הם נרדפו. בסוף המאה ה-15  האפשרות להתיישב הייתה מוגבלת, ובשנים 1492–1493 הם גורשו כליל מערי פומרניה, כולל שצ'צ'ין.

האיסור על יישוב יהודים היה בתוקף לאחר מלחמת שלושים השנים, כאשר שצ'צ'ין עברה לשליטת שוודיה.  הוא נשמר גם לאחר תום מלחמת הצפון השלישית, כשהיא חזרה לפרוסיה. אולם ידוע כי במאה ה-18 הופיעו בעיר יהודים, וחלק מהם אף התיישבו הודות לאישורי מעבר מיוחדים.

המצב השתנה מיסודו רק בתחילת המאה ה-19. הצו שניתן ב-1812 הכיר בכל היהודים כאזרחי המדינה והבטיח להם את החופש להתיישב או לקנות נכסי מקרקעין בערים.   כבר ב-1816 ייסדו 18 יהודי שצ'צ'ין את החברה היהודית, שהפכה מאוחר יותר לקהילה יהודית.